Институт математики, естественных и компьютерных наук сотрудничает с:
1. Департамент образования Вологодской области
2. АО "Сбербанк-технологии"
3. ООО "ЛОГАСОФТ"
4. PlayRix
4. R-Style Softlab
5. Вологодское региональное отделение ВОО "Русское географическое общество"
6. Институт Озероведения РАН
7. Факультет биологии РГПУ им. А.И. Герцена
8. ВолНЦ РАН
9. Департамент Природных ресурсов и охраны окружающей среды Вологодской области
10. Вологодский институт развития образования
11. Департамент по охране, контролю и регулированию использования объектов животного мира Вологодской области
12. Департамент экономического развития
